【公開日：2025.06.10】【最終更新日：2025.03.12】
課題データ / Project Data
課題番号 / Project Issue Number
24UE5342
利用課題名 / Title
蛍光RNAアプタマーの構造解析
利用した実施機関 / Support Institute
電気通信大学 / UEC
機関外・機関内の利用 / External or Internal Use
外部利用/External Use
技術領域 / Technology Area
【横断技術領域 / Cross-Technology Area】（主 / Main）計測・分析/Advanced Characterization（副 / Sub）物質・材料合成プロセス/Molecule & Material Synthesis
【重要技術領域 / Important Technology Area】（主 / Main）次世代バイオマテリアル/Next-generation biomaterials（副 / Sub）-
キーワード / Keywords
蛍光RNAアプタマー,バイオセンサ/ Biosensor,赤外・可視・紫外分光/ Infrared/visible/ultraviolet spectroscopy
利用者と利用形態 / User and Support Type
利用者名（課題申請者）/ User Name (Project Applicant)
飯塚 怜
所属名 / Affiliation
東京大学 大学院理学系研究科
共同利用者氏名 / Names of Collaborators in Other Institutes Than Hub and Spoke Institutes
田山 智嵩
ARIM実施機関支援担当者 / Names of Collaborators in The Hub and Spoke Institutes
南雲 莉花
利用形態 / Support Type
（主 / Main）機器利用/Equipment Utilization（副 / Sub）,技術補助/Technical Assistance
利用した主な設備 / Equipment Used in This Project
報告書データ / Report
概要（目的・用途・実施内容）/ Abstract (Aim, Use Applications and Contents)
蛍光RNAアプタマーは，遊離状態でほぼ無蛍光の色素と結合してその蛍光を劇的に増大するRNAである．これらのアプタマーは，生細胞内におけるRNAイメージングのタグや代謝物バイオセンサーなどに利用されているが，蛍光強度の不足が課題となっており，より高い蛍光増大能を示す蛍光RNAアプタマーの開発が望まれている．これまで蛍光RNAアプタマーは，標的色素との結合親和性に基づく選別を繰り返すことで取得されてきたが，結合親和性と蛍光増大能は必ずしも相関しない．そこで我々は，結合親和性と蛍光増大能の両方を考慮し，色素TO1-Bに対する新たな蛍光RNAアプタマーの取得に成功した．得られたアプタマーと色素の複合体構造を解析するために，その円偏光二色性スペクトルを測定した．
実験 / Experimental
In vitro合成したRNAと色素TO1-Bを混合し，ウォータジャケット付円筒型セル（Model 165-2，日本分光）に移した．円二色性分散計（UE-015）を用い，190–260 nmの円偏光二色性スペクトルを，感度Standard，スキャン速度50 nm/minにて測定した．スペクトルは，5回積算して得た．
結果と考察 / Results and Discussion
得られた円偏光二色性スペクトルを，図1に示す．いずれのRNAもカリウムイオン存在下において，260 nm付近に正の，240 nm 付近に負の値を示したことから，パラレル型のグアニン四重鎖構造を形成することにより標的色素の認識・結合を達成していることが示唆された．今後は，より高いS/Nが得られるような測定条件を検討するとともに，共存させるイオン種や濃度を変更し，RNAの立体構造に関する理解を深めていく予定である．得られた知見は，より高性能な蛍光RNAアプタマーの開発につながることが期待される．
図・表・数式 / Figures, Tables and Equations
図1. 得られた円偏光二色性スペクトル
その他・特記事項（参考文献・謝辞等） / Remarks(References and Acknowledgements)
成果発表・成果利用 / Publication and Patents
論文・プロシーディング（DOIのあるもの） / DOI (Publication and Proceedings)
口頭発表、ポスター発表および、その他の論文 / Oral Presentations etc.
特許 / Patents
特許出願件数 / Number of Patent Applications：0件
特許登録件数 / Number of Registered Patents：0件